Liseydə fəaliyyət göstərən Kiçik Akademiya şagirdləri elmi-tədqiqat işinə yönəldir və təhsilin layihə istiqamətində fəaliyyətinə şərait yaradır. Hər bir şagirdin marağına uyğun elmi-tədqiqat işini təşkil etmək üçün ayrı-ayrı bölmələrdə müəllim və şagirdlər komandalarla işləmək imkanı əldə edirlər. Kiçik Akademiya Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası, Qafqaz Universiteti, Bakı Dövlət Universiteti, Bakı Ali Neft Məktəbi və digər qrumlarla əməkdaşlıq edir, oradakı elmi laboratoriyalardan istifadə edə bilirlər. Kiçik Akademiyada şagirdlərin layihələri bir çox yerli və beynəlxalq müsabiqələrdə uğur qazanmışlar.