Şəhərin rəsmi olaraq salınması bəzi mənbələrdə 1741-ci il, bəzilərində isə 1752-ci il kimi qeyd olunur. “Ağdam” adının mənşəyi Panahəli xanla bağlıdır. XVIII əsrin birinci yarısında Pənahəli xan bu şəhərdə ağ daşdan imarət tikdirmişdir. Həmin imarət uzun müddət ətraf kəndlərin sakinləri üçün bir növ oriyentirə çevrilmişdir. Bu mənada, "Ağdam" -ağ ev deməkdir. 1828-ci ildə Ağdama şəhər statusu verilmişdir.
1918-ci ilin oktyabrın 1-də Nuru Paşa Ağdama gəlmişdir. O, Ağdamda Azərbaycan bayrağını qaldırıb, Şuşaya doğru hərəkət etmişdir.
1993-cü il iyulun 4-də ermənilər Ağdamı artilleriya atəşinə tutmuş və bunun nəticəsində əsgərlər və mülki vətəndaşlar şəhəri tərk etmişdir. 23 iyul 1993-cü cü il tarixdə erməni quldurları tərəfindən Ağdam şəhəri işğal olunub. 1994-cü il may ayının 12-dək rayonun ümumi ərazisinin 77,4 faizini işğal olunmuşdur.
2008-ci ildə "Lonely Planet" jurnalı Ağdamı "Qafqaz Hiroşiması" adlandırıb. 2010-cu ildə Əl-Cəzirənin internet nəşri, Ağdamı "ruhlar şəhəri" siyahısına salıb. 2010-cu ildə qondarma Dağlıq Qarabağ rejiminin qərarı ilə Ağdam şəhəri Akna adlandırılıb.
20 noyabr 2020-ci il tarixində Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Ağdam şəhərinə daxil olması ilə işğala son qoyulur.
Azərbaycan torpağı neçə-neçə dünya şöhrətli alimlər yetişdirib. Onlardan biri də dünya alimlərini heyran qoyan AMEA-nın müxbir üzvü, Geologiya-mineralogiya elmləri doktoru, Milli Azadlıq Qərargahı təşkilatının qurucularından (1969), Böyük Britaniya Kral Akademiyasının fəxri üzvü (1957) professor Xudu Məmmədov 1927-ci il dekabrın 14-də Ağdam rayonunun Mərzili kəndində anadan olmuşdur.
